工程研究中心于2007年由教育部批准建设（教育部教技函[2007]72号文），中心建设发起者是著名真菌学家李增智教授（中国菌物学会创立发起人之一，中国虫生真菌学研究完整体系的构建者）。中心依托安徽农业大学虫生真菌研究中心、微生物防治安徽省重点实验室、微生物学和森林保护学两个博士点、安徽省森林保护学重点学科，经过十年的基础建设、平台建设、成果转化与工程建设，于2018 年 8 月进行了验收，2019 年 1 月正式下文通过(教技厅函[2019]15 号)。

1.目标定位  

聚焦国家生态战略、创新战略和粮食安全对真菌生物技术的需求，立足安徽农业大学在真菌资源和利用方面的特色和优势，开展真菌菌种收集保育、真菌功能基因和功能1、目标定位:分子挖掘、真菌生物技术产品研发、集成和应用研究。

2.工程化研究进展  

在建立起的“真菌液体发酵技术平台” “真菌固体发酵技术平台” “虫草胶囊GMP车间”等工程化平台的基础上，对多个实验室小试成果进行了产业化验证，并通过和企业合作，使这些通过工程化验证的产品得到应用和推广。目前完成的工程化验证涵盖真菌生物农药、虫草类保健产品、虫草类饲料添加剂、珍稀食药用菌产业领域，主要项目包括:1.高毒力白僵菌高孢粉原药；2.高毒力真菌无纺布挂条;3.高毒力白菌颗粒剂;4.真菌纳米油悬浮剂;5.虫草胶囊产品;6.蝉花虫草人工培养工艺;7.富硒猴菇生产工艺;8.虫草饲料添加剂产品等20余项。

3.产业化研究成果

目前，工程化验证成果均已处于产业化阶段，其中真菌生物农药类成果主要由江西天人集团、合肥农药厂、安徽皖东生物制剂厂、安徽喜丰收农业科技有限公司、江西啄木蜂科技有限公司转化生产，其年产值超15000万元。虫草类产品主要由浙江泛亚生物医药有限公司、上海玉安药业公司转化生产，年产值5000万元以上。虫草饲料添加剂产品主要由合肥新鑫药业公司生产。珍稀食用菌类主要由合肥河川生物医药科技有限公司转化生产。另外，中心田间应用工程技术由安徽华星集团公司、江西啄木蜂科技有限公司、江西天祥航空有限公司、安徽田林康病虫害防控科技有限公司等企业转化应用。